147 rue de l'université 75 338 Paris Cedex 07 tél : +33(0)1 42 75 90 00 CONTACTEZ-NOUS A PROPOSMENTIONS LEGALES Copyright @ INRA (0 références) Recherche rapide Ok Recherche avancée Se connecter Recherche avancée Historique Services Afficher au format xml Imprimer Ajouter au panier Partage Métriques Nb de consultations de cette notice : 29 Web of Science® Times Cited : 11 Pièces jointes Aucune pièce jointe disponible Affichage complet URL http://prodinra.inra.fr/record/244235 Titre. sous titre Significant correlation between a set of genetic polymorphisms and a functional brain network revealed by feature selection and sparse Partial Least Squares Auteur(s) Edith Le Floch CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - LNAO Laboratoire de Neuroimagerie Assistée par Ordinateur - FR, France. CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. Vincent Guillemot vincent.guillemot@supelec.fr CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - LNAO Laboratoire de Neuroimagerie Assistée par Ordinateur - FR, France. CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. Vincent Frouin vincent.frouin@cea.fr CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - LNAO Laboratoire de Neuroimagerie Assistée par Ordinateur - FR, France. CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. Philippe Pinel CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - NEUROSPIN Service NEUROSPIN - FR, France. Christophe Lalanne christophe.lalanne@cea.fr INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - INSERM - Université Paris Sud (Paris 11) - Université Paris Descartes (Paris 5) - Troubles du comportement alimentaire de l'adolescent - Maison de Solene 97, Boulevard de Port Royal 75679 PARIS cedex 14 FR, PARIS , France. LAURA TRINCHERA laura.trinchera@agroparistech.fr INRA - AgroParisTech (Engref), UMR 0518 MIA Mathématiques et Informatique Appliquées. Centre de recherche de Versailles-Grignon, Paris, France. Arthur Tenenhaus arthur.tenenhaus@supelec.fr Supelec - SUPELEC - E3S Supélec Sciences des Systèmes - EA4454 - FR, France. Antonio Moreno CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - INSERM - Université Paris Sud (Paris 11) - CEA - Neuroimagerie cognitive - Gif sur Yvette FR, Gif sur Yvette, France. Monica Zilbovicius CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - INSERM - CEA - Neuroimagerie et psychiatrie - FR, France. Thomas Bourgeron thomasb@pasteur.fr Institut Pasteur - Institut Pasteur - CNRS - Génétique Humaine et Fonctions Cognitives - 25-28 rue du Docteur Roux F-75724 Paris Cedex 15 FR, Paris , France. Stanislas Dehaene dehaene@shfj.cea.fr CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - INSERM - Université Paris Sud (Paris 11) - CEA - Neuroimagerie cognitive - Gif sur Yvette FR, Gif sur Yvette, France. Bertrand Thirion bertrand.thirion@inria.fr CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - LNAO Laboratoire de Neuroimagerie Assistée par Ordinateur - FR, France. CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. INRIA, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - INRIA - INRIA Saclay - Ile de France PARIETAL - Neurospin, CEA Saclay, Bâtiment 145, 91191 Gif-sur-Yvette Cedex FR, Gif-sur-Yvette , France. Jean-Baptiste Poline jean-baptiste.poline@cea.fr CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - LNAO Laboratoire de Neuroimagerie Assistée par Ordinateur - FR, France. CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale - INSERM - Université Paris Sud (Paris 11) - CEA - Neuroimagerie cognitive - Gif sur Yvette FR, Gif sur Yvette, France. Edouard Duchesnay CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - LNAO Laboratoire de Neuroimagerie Assistée par Ordinateur - FR, France. CEA, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - CEA - IFR 49 IFR de Neuroimagerie Fonctionnelle - FR, France. Type de produit Article Année 2012 Langue Anglais Public visé Scientifique Résumé Brain imaging is increasingly recognised as an intermediate phenotype to understand the complex path between genetics and behavioural or clinical phenotypes. In this context, a first goal is to propose methods to identify the part of genetic variability that explains some neuroimaging variability. Classical univariate approaches often ignore the potential joint effects that may exist between genes or the potential covariations between brain regions. In this paper, we propose instead to investigate an exploratory multivariate method in order to identify a set of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) covarying with a set of neuroimaging phenotypes derived from functional Magnetic Resonance Imaging (fMRI). Recently, Partial Least Squares (PLS) regression or Canonical Correlation Analysis (CCA) have been proposed to analyse DNA and transcriptomics. Here, we propose to transpose this idea to the DNA vs. imaging context. However, in very high-dimensional settings like in imaging genetics studies, such multivariate methods may encounter overfitting issues. Thus we investigate the use of different strategies of regularisation and dimension reduction techniques combined with PLS or CCA to face the very high dimensionality of imaging genetics studies. We propose a comparison study of the different strategies on a simulated dataset first and then on a real dataset composed of 94 subjects, around 600,000 SNPs and 34 functional MRI lateralisation indexes computed from reading and speech comprehension contrast maps. We estimate the generalisability of the multivariate association with a cross-validation scheme and demonstrate the significance of this link, using a permutation procedure. Univariate selection appears to be necessary to reduce the dimensionality. However, the significant association uncovered by this two-step approach combining univariate filtering and L1-regularised PLS suggests that discovering meaningful genetic associations calls for a multivariate approach. Anglais Revue NeuroImage , 63 (1) Pages 11-24 Comité de lecture Avec comité de lecture Diffusion de la notice Publique Thématique de recherche Applications DOI 10.1016/j.neuroimage.2012.06.061 Identifiant HAL hal-00750902 Liens http://hal-supelec.archiv... Comment citer ce document : Le Floch, E., Guillemot, V., Frouin, V., Pinel, P., Lalanne, C., TRINCHERA, L., Tenenhaus, A., Moreno, A., Zilbovicius, M., Bourgeron, T., Dehaene, S., Thirion, B., Poline, J.-B., Duchesnay, E. (2012). . Significant correlation between a set of genetic polymorphisms and a functional brain network revealed by feature selection and sparse Partial Least Squares. NeuroImage, 63 (1), 11-24. DOI : 10.1016/j.neuroimage.2012.06.061 http://prodinra.inra.fr/record/244235 arthur.tenenhaus@supelec.fr 3 Neurospin, inria-Parietal, 91191 Gif sur Yvette Cedex, France. Bertrand.Thirion@inria.fr Cédric Auliac cauliac@ibisc.univ-evry.fr - Vincent Frouin vincent.frouin@cea.fr - Florence d'Alché-Buc florence.dalche@ibisc.fr jbpoline@cea.fr, ch.lalanne@gmail.com, edouard.duchesnay@cea.fr, vincent.frouin@cea.fr 2 Supelec Sciences des Systemes (E3S)-Department of Signal processing and Electronics systems, 91192 Gif-sur-Yvette Cedex. arthur.tenenhaus@supelec.fr 3 Neurospin, inria-Parietal, 91191 Gif sur Yvette Cedex, France. Bertrand.Thirion@inria.fr arndt@ihes.fr Francois.Kepes@genopole.cnrs.fr LIST OF ATTENDEES (in alphabetic order) Nadia Abchiche-Mimouni abchiche@lami.univ-evry.fr Patrick Amar pa@lri.fr Pascal Ballet pascal.ballet@univ-brest.fr Pierre Barbier pierre.barbier@cirad.fr Georgia Barlovatz-Meimon Georgia.Barlovatz-Meimon@creteil.inserm.fr Christophe Baron chritop@hotmail.com Vincent Bassano vbassano@lami.univ-evry.fr Grégory Batt batt@inrialpes.fr Marie-Claire Bellissent-Funel mcbel@llb.saclay.cea.fr Arndt Benecke arndt@ihes.fr Gilles Bernot bernot@lami.univ-evry.fr Marie Beurton-Aimar aimar@u-bordeaux2.fr Alexander Bockmayr Alexander.Bockmayr@loria.fr Armelle Cabin armelle.cabin@univ-rouen.fr David Campard david.campard@univ-rouen.fr Daniel Claude Daniel.Claude@lss.supelec.fr Emmanuel Collé colle@ldfc.u-strasbg.fr Olivier Collin Olivier.Collin@imag.fr Jean-Paul Comet comet@lami.univ-evry.fr Franck Delaplace delapla@lami.univ-evry.fr Jean-Marc Delosme delosme@lami.univ-evry.fr Maurice Demarty maurice.demarty@univ-rouen.fr Gora Diop diop@cng.fr Sarah Djebali sdjebali@yahoo.fr Marie Dutreix marie.dutreix@curie.fr Eric Fourmentin fgfondat@club-internet.fr Jean Fourmentin fgfondat@club-internet.fr Paul Francois francois@lps.ens.fr Christine Froidevaux Christine.Froidevaux@lri.fr Vincent Frouin vincent.frouin@cea.fr Jean-Louis Giavitto giavitto@lami.univ-evry.fr Christophe Godin godin@cirad.fr Yohann Grondin jg69@le.ac.uk Janine Guespin janine.guespin@univ-rouen.fr Maude Hatano maudehatano@hotmail.com Paul Hossenlopp Paul.Hossenlopp@cnrs-dir.fr Danièle Hernandez-Verdun dhernand@ccr.jussieu.fr Anastassia Iartseva iartseva@mail.ru Hassane Karkar karkar@ccr.jussieu.fr François Képès Francois.Kepes@genopole.cnrs.fr Sébastien Kerdelo kerdelo@enib.fr Guillaume Legent g_legent@hotmail.com Pierre Maziere pierre.maziere@ibph.pharma.univ-montp1.fr Hans Meinhardt hans.meinhardt@tuebingen.mpg.de Pascale Mentré mentre@ibpc.fr Chaouqi Misbah chaouqi.misbah@ujf-grenoble.fr Gradimir Misevic gradimir@gradimir.com Franck Molina franck.molina@ibph.pharma.univ-montp1.fr René Natowicz natowicz@esiee.fr Victor Norris vjn@univ-rouen.fr Nicolas Parisey Nicolas@parisey.com Sabine Peres sabine.peres@etud.u-bordeaux2.fr Aude Pflieger pflieger@bordeaux.inserm.fr Gabriel Querrec gabriel.querrec@enib.fr Nancie Reymond nancie.reymond@jouy.inra.fr Camille Ripoll camille.ripoll@univ-rouen.fr Sébastien Roby roby.sebastien@worldonline.fr Eduardo Rocha erocha@abi.snv.jussieu.fr Vincent Schachter vs@genoscope.cns.fr Bertrand Séraphin Seraphin@cgm.cnrs-gif.fr Serge Smidtas sergi@sergi5.com Fariza Tahi tahi@lami.univ-evry.fr Jan Traas Jan.Traas@versailles.inra.fr Philippe Tracqui Philippe.Tracqui@imag.fr Bernard Vandenbunder bernard.vandenbunder@ibl.fr Jean-Pierre Vannier jean-pierre.vannier@chu-rouen.fr Conrad Woldringh woldringh@science.uva.nl Abdallah Zemirline zemirlin@univ-brest.fr mcbel@llb.saclay.cea.fr , benoit.da mota@inria.fr Vincent Frouin, CEA, DSV, I2BM, Neurospin, vincent.frouin@cea.fr Edouard Duchesnay, CEA, DSV, I2BM, Neurospin, duchesnay@gmail.com Soizic Laguitton, CEA, DSV, I2BM, Neurospin, CATI, soizic.laguitton@gmail.com Ga¨el Varoquaux, Parietal Team, INRIA Saclay, gael.varoquaux@inria.fr Jean-Bapiste Poline, CEA, DSV, I2BM, Neurospin, jbpoline@gmail.com Bertrand Thirion, Parietal Team, INRIA Saclay, bertrand.thirion@inria.fr davido.extraxim@gmail.com